Details for gene set V$ATF4

Table: GSEA Results Summary

Dataset	Set_02_BT_ATM_minus_versus_ATM_plus.phenotype_BT_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls #BT_ATM_minus_versus_ATM_plus.phenotype_BT_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls #BT_ATM_minus_versus_ATM_plus_repos
Phenotype	phenotype_BT_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls#BT_ATM_minus_versus_ATM_plus_repos
Upregulated in class	ATM_plus
GeneSet	V$ATF4_Q2
Enrichment Score (ES)	-0.40445468
Normalized Enrichment Score (NES)	-1.346945
Nominal p-value	0.019379845
FDR q-value	0.73686194
FWER p-Value	0.998

Table: GSEA details [plain text format]
	PROBE	DESCRIPTION (from dataset)	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	SLC38A2	1426722_at 1429593_at 1429594_at	64	2.633	0.0440	No
2	PHF8	1439132_at 1459392_at 1460398_at	94	2.348	0.0845	No
3	PSME4	1426823_s_at 1426824_at 1440511_at 1445147_at 1446464_at 1452211_at	150	1.921	0.1162	No
4	HNRPA2B1	1420365_a_at 1433829_a_at 1433830_at 1434047_x_at	228	1.644	0.1420	No
5	PCDH9	1439322_at 1442659_at 1444215_at 1444724_at 1445052_at 1445061_at 1457973_at	317	1.416	0.1631	No
6	DDX3X	1416467_at 1423042_at 1423043_s_at	394	1.231	0.1816	No
7	LEPROTL1	1423552_at 1451018_at	644	0.806	0.1845	No
8	XPOT	1428772_at 1428949_at 1441681_at 1441682_s_at	1017	0.528	0.1768	No
9	MBNL2	1433754_at 1436858_at 1446475_at 1455827_at 1457237_at 1457477_at	1024	0.524	0.1858	No
10	SNF1LK	1419766_at 1459601_at	1058	0.509	0.1934	No
11	AHR	1422631_at 1450695_at	1133	0.477	0.1985	No
12	ZZEF1	1434192_at 1438691_at 1446081_at 1453583_at	1232	0.441	0.2019	No
13	NUPL2	1424889_at 1456773_at	1376	0.387	0.2022	No
14	USP48	1419277_at 1419278_at 1424056_at	1429	0.370	0.2064	No
15	AP2M1	1442227_at 1442429_at 1443338_at 1450894_a_at 1457122_at	1473	0.358	0.2108	No
16	MAP3K7IP2	1423462_at 1451003_at	1535	0.347	0.2141	No
17	USP14	1416208_at 1437714_x_at 1439201_at 1455829_at	1582	0.336	0.2180	No
18	PSMD12	1448492_a_at	1814	0.291	0.2126	No
19	CDK5R1	1421123_at 1421124_at 1433450_at 1433451_at	1817	0.291	0.2177	No
20	JMJD1A	1426810_at	1934	0.270	0.2171	No
21	ATF1	1417296_at	1989	0.262	0.2193	No
22	CDC5L	1428092_at 1460429_at	2040	0.255	0.2216	No
23	SLC18A2	1437079_at	2107	0.247	0.2229	No
24	PPP1R10	1426726_at 1426727_s_at 1430560_at	2159	0.239	0.2249	No
25	GNAS	1421740_at 1427789_s_at 1443007_at 1443375_at 1444767_at 1450186_s_at 1453413_at	2363	0.216	0.2194	No
26	RBBP8	1427061_at 1427062_at 1446097_at	2618	0.189	0.2111	No
27	PPM2C	1434228_at 1438201_at	2630	0.188	0.2139	No
28	DHX36	1424397_at 1424398_at 1437550_at	2753	0.178	0.2115	No
29	RBM18	1420607_at 1420608_at 1458182_at	2831	0.173	0.2110	No
30	NUP98	1434220_at 1439154_at 1446397_at 1446988_at	2948	0.165	0.2086	No
31	EPHA2	1421151_a_at	3092	0.156	0.2048	No
32	CBX3	1432628_at 1454305_at	3102	0.155	0.2072	No
33	BAZ2A	1427209_at 1427210_at 1438192_s_at	3215	0.149	0.2047	No
34	PAK3	1417923_at 1417924_at 1437318_at	3245	0.148	0.2060	No
35	BSN	1422023_at 1436123_at 1450467_at	3252	0.147	0.2083	No
36	TAF11	1446161_at 1451995_at	3255	0.147	0.2108	No
37	SYT2	1420418_at 1440323_at 1449866_at	3348	0.142	0.2091	No
38	GTF2A1	1421357_at	3571	0.132	0.2013	No
39	ID1	1425895_a_at	3642	0.130	0.2004	No
40	PAFAH1B1	1417086_at 1427703_at 1439656_at 1441404_at 1444125_at 1448578_at 1456947_at 1460199_a_at	3694	0.127	0.2003	No
41	RAB7	1415734_at 1448159_at	4580	0.098	0.1613	No
42	SMARCAD1	1435651_a_at 1440066_at 1452276_at	4712	0.094	0.1570	No
43	CPT1B	1418328_at	4821	0.091	0.1537	No
44	MTF1	1418333_at 1428979_at 1429170_a_at 1440414_at 1452990_at	5060	0.085	0.1442	No
45	JAG1	1421105_at 1421106_at 1434070_at	5122	0.084	0.1429	No
46	PRICKLE1	1441663_at 1442172_at 1442400_at 1444759_at 1452249_at 1457637_at	5552	0.075	0.1245	No
47	SCAMP5	1450247_a_at 1451224_at	5641	0.073	0.1218	No
48	PTPRU	1416674_at 1446638_at	5810	0.070	0.1153	No
49	MAOA	1428667_at 1442676_at	5849	0.069	0.1148	No
50	CTCF	1418330_at 1449042_at	5882	0.068	0.1145	No
51	NRIP3	1418104_at 1431597_a_at 1448954_at	5937	0.067	0.1132	No
52	PAK6	1445475_at 1455200_at	6007	0.066	0.1112	No
53	HS3ST2	1438624_x_at 1440814_x_at 1454784_at	6417	0.058	0.0935	No
54	GGN	1445278_at	6487	0.057	0.0913	No
55	SMARCA1	1460292_a_at	6563	0.056	0.0889	No
56	CAPN12	1449970_at	6610	0.055	0.0877	No
57	PAX3	1420389_at 1430335_a_at 1441743_at 1459148_at	6646	0.054	0.0871	No
58	CHD2	1444246_at 1445843_at	6687	0.054	0.0862	No
59	AHI1	1439083_at 1455177_at	6900	0.050	0.0773	No
60	CX36	1423019_at 1435297_at	7219	0.044	0.0635	No
61	MAP1LC3A	1447883_x_at 1451290_at	7233	0.044	0.0637	No
62	FLNC	1424063_at 1447812_x_at 1449073_at	7253	0.044	0.0636	No
63	GPM6B	1423091_a_at 1425942_a_at 1453514_at	7278	0.043	0.0633	No
64	SMARCB1	1416045_a_at 1435856_x_at 1456938_at	7438	0.041	0.0567	No
65	NR2E1	1434921_at 1457289_at	7456	0.041	0.0566	No
66	XPO1	1418442_at 1418443_at 1448070_at	7471	0.041	0.0567	No
67	HHEX	1423319_at	8055	0.032	0.0305	No
68	SV2B	1434800_at 1435687_at	8257	0.029	0.0217	No
69	FGF14	1435747_at 1447221_x_at 1447480_at 1449958_a_at 1458830_at 1459073_x_at	8415	0.027	0.0150	No
70	ADCK4	1448490_at	8422	0.027	0.0152	No
71	SDHB	1418005_at	8506	0.026	0.0118	No
72	SULT4A1	1421606_a_at 1433714_at	8531	0.025	0.0112	No
73	GPR56	1421118_a_at 1433485_x_at	8538	0.025	0.0113	No
74	CLSTN3	1426989_at	8886	0.020	-0.0042	No
75	PPP2R5B	1426811_at	9029	0.019	-0.0104	No
76	CAPN6	1421952_at 1450429_at	9198	0.016	-0.0179	No
77	MAP3K13	1430137_at 1440749_at 1447699_at	9429	0.013	-0.0282	No
78	MPP2	1449173_at	9586	0.011	-0.0352	No
79	MESDC1	1416397_at 1416398_at	9686	0.010	-0.0396	No
80	NR4A2	1447863_s_at 1450749_a_at 1450750_a_at 1455034_at	10054	0.005	-0.0564	No
81	PITX2	1424797_a_at 1450482_a_at	10193	0.003	-0.0627	No
82	NR4A3	1421079_at 1421080_at	10246	0.002	-0.0650	No
83	GSK3B	1434439_at 1437001_at 1439931_at 1439949_at 1451020_at 1454958_at	10465	-0.001	-0.0751	No
84	HN1	1416028_a_at 1438988_x_at 1448180_a_at	10485	-0.001	-0.0759	No
85	MRGPRF	1425894_at	10659	-0.003	-0.0838	No
86	EDG5	1428176_at 1447880_x_at	10673	-0.003	-0.0844	No
87	ROM1	1448996_at	11006	-0.008	-0.0995	No
88	ZFYVE27	1424550_at 1424551_at 1439841_at 1460026_s_at	11079	-0.009	-0.1026	No
89	NDUFA10	1418068_at 1448934_at	11405	-0.013	-0.1173	No
90	SFRS1	1428099_a_at 1428100_at 1430982_at 1434972_x_at 1452430_s_at 1453722_s_at 1457136_at	11574	-0.015	-0.1248	No
91	MAF	1435828_at 1437473_at 1444073_at 1447849_s_at 1447945_at 1456060_at	11811	-0.018	-0.1353	No
92	TEX14	1419240_at	11965	-0.020	-0.1420	No
93	CENTA1	1433556_at	12015	-0.021	-0.1439	No
94	NOL4	1430189_at 1441447_at 1456387_at	12081	-0.021	-0.1465	No
95	TNXB	1450798_at	12123	-0.022	-0.1480	No
96	ELOVL5	1415840_at 1437211_x_at 1459242_at	12134	-0.022	-0.1481	No
97	FOXD3	1422210_at	12444	-0.026	-0.1618	No
98	MYBPH	1419487_at	12462	-0.027	-0.1621	No
99	CMYA1	1419220_at	13042	-0.035	-0.1881	No
100	GRM3	1430136_at	13317	-0.038	-0.2000	No
101	CDC14B	1429418_at 1437070_at	13348	-0.039	-0.2007	No
102	LTBP1	1419786_at 1440678_at 1446232_at 1447547_at 1448870_at 1457852_at 1458739_at	13364	-0.039	-0.2007	No
103	ABCD1	1418838_at	13414	-0.040	-0.2023	No
104	PLSCR3	1431081_a_at 1449020_at	13548	-0.042	-0.2076	No
105	CIRBP	1416332_at	13686	-0.044	-0.2131	No
106	NPTX1	1422130_at 1434877_at	13721	-0.044	-0.2139	No
107	FOSB	1422134_at	13754	-0.045	-0.2146	No
108	PKIA	1420858_at 1420859_at	14212	-0.052	-0.2347	No
109	PHACTR3	1429651_at	14235	-0.053	-0.2347	No
110	UBQLN2	1420844_at 1450021_at 1456627_at	14300	-0.054	-0.2367	No
111	USP2	1417168_a_at 1417169_at	14417	-0.056	-0.2411	No
112	IRX6	1427383_at	14485	-0.057	-0.2431	No
113	KLF13	1432543_a_at 1456030_at	14771	-0.061	-0.2551	No
114	KIF9	1420395_a_at	15011	-0.065	-0.2650	No
115	PAH	1454638_a_at	15045	-0.066	-0.2653	No
116	HOXC10	1439798_at	15057	-0.066	-0.2647	No
117	SLC35F5	1452059_at	15092	-0.066	-0.2650	No
118	PSMD4	1418874_a_at 1425859_a_at 1451725_a_at	15139	-0.067	-0.2660	No
119	MRRF	1426364_at	15475	-0.073	-0.2801	No
120	ABCA2	1449302_at	15573	-0.075	-0.2832	No
121	PEX12	1416259_at	15689	-0.077	-0.2871	No
122	ICA1	1417901_a_at 1431644_a_at	16140	-0.085	-0.3063	No
123	OGDH	1445632_at 1451274_at	16474	-0.092	-0.3200	No
124	PSD	1435780_at	16691	-0.097	-0.3282	No
125	PRR3	1424145_at	16733	-0.098	-0.3283	No
126	KCNJ2	1450503_at	16932	-0.103	-0.3356	No
127	LAMC2	1421279_at 1452505_at	16995	-0.105	-0.3366	No
128	ARG2	1418847_at 1438841_s_at	17082	-0.107	-0.3386	No
129	CENPE	1435005_at 1439040_at	17186	-0.110	-0.3414	No
130	DAAM2	1430247_at 1455717_s_at	17612	-0.121	-0.3588	No
131	MRPS18B	1451164_a_at	17617	-0.121	-0.3568	No
132	PDAP1	1434019_at 1434020_at	17650	-0.123	-0.3561	No
133	BRAF	1425693_at 1435434_at 1435480_at 1442749_at 1445786_at 1447940_a_at 1447941_x_at 1456505_at 1458641_at	17724	-0.124	-0.3572	No
134	RASGEF1A	1429316_at 1435218_at	17747	-0.125	-0.3560	No
135	ITPKC	1440024_at 1454755_at	17970	-0.132	-0.3639	No
136	TRIM39	1418851_at	18108	-0.136	-0.3677	No
137	DDX51	1428728_at	18119	-0.136	-0.3658	No
138	RPS6KA4	1438243_at 1448498_at	18177	-0.138	-0.3659	No
139	PNMA3	1456829_at	18243	-0.140	-0.3664	No
140	PAK1	1420979_at 1420980_at 1450070_s_at 1459029_at	18252	-0.140	-0.3643	No
141	STIM1	1436945_x_at 1448320_at 1458460_at	18293	-0.142	-0.3636	No
142	RAB25	1417738_at	18322	-0.143	-0.3624	No
143	GEM	1426063_a_at	18379	-0.145	-0.3624	No
144	ALDOA	1416921_x_at 1433604_x_at 1434799_x_at	18519	-0.150	-0.3661	No
145	EIF4G1	1427036_a_at 1427037_at 1438686_at	18520	-0.150	-0.3634	No
146	DCTN1	1422521_at 1435414_s_at	18578	-0.152	-0.3633	No
147	UBE2H	1418631_at 1418632_at 1428791_at 1438971_x_at 1447374_at 1459930_at	18707	-0.157	-0.3664	No
148	RNF44	1423532_at	18863	-0.164	-0.3706	No
149	LMO4	1420981_a_at 1439651_at	19371	-0.188	-0.3906	No
150	NRXN2	1435907_at 1435908_at 1455499_at	19390	-0.190	-0.3880	No
151	TITF1	1422346_at	19593	-0.203	-0.3937	No
152	POLR3E	1429456_a_at 1453147_at	19705	-0.212	-0.3950	No
153	CYP24A1	1418866_at 1418867_at	19716	-0.212	-0.3917	No
154	SREBF2	1426744_at 1452174_at	19767	-0.215	-0.3902	No
155	BAHD1	1433703_s_at	19968	-0.233	-0.3952	No
156	SORBS1	1417358_s_at 1425826_a_at 1428471_at 1436737_a_at 1440311_at 1442401_at 1443983_at 1455967_at	20012	-0.237	-0.3930	No
157	DUSP1	1448830_at	20263	-0.266	-0.3997	Yes
158	HTATIP	1433980_at 1433981_s_at	20270	-0.266	-0.3953	Yes
159	ENO1	1419023_x_at	20271	-0.266	-0.3905	Yes
160	CDH23	1432346_a_at 1452028_a_at	20302	-0.269	-0.3871	Yes
161	MSX2	1438351_at 1449559_at	20333	-0.274	-0.3836	Yes
162	NDRG2	1448154_at	20335	-0.274	-0.3787	Yes
163	NF1	1438067_at 1441523_at 1443097_at 1452525_a_at	20349	-0.276	-0.3744	Yes
164	SYNGR3	1416098_at 1448216_at	20352	-0.276	-0.3696	Yes
165	RFX5	1423103_at	20449	-0.290	-0.3689	Yes
166	SELM	1424394_at	20511	-0.298	-0.3664	Yes
167	HCST	1419119_at	20631	-0.317	-0.3662	Yes
168	SMAD1	1416081_at 1448208_at 1459843_s_at	20643	-0.319	-0.3610	Yes
169	PSMD7	1432820_at 1451056_at 1454368_at	20661	-0.322	-0.3560	Yes
170	GABRA1	1421280_at 1421281_at 1436889_at 1455766_at	20667	-0.324	-0.3505	Yes
171	KCNN2	1445676_at 1448927_at	20739	-0.334	-0.3478	Yes
172	SGK	1416041_at	21030	-0.417	-0.3537	Yes
173	PDE4D	1443289_at 1458212_at 1459289_at 1459311_at	21035	-0.420	-0.3464	Yes
174	ZHX2	1455210_at	21117	-0.450	-0.3421	Yes
175	ITM2B	1417999_at 1418000_a_at 1418001_at 1456372_at	21120	-0.452	-0.3342	Yes
176	TPM4	1433883_at	21123	-0.452	-0.3262	Yes
177	ZMYND15	1438498_at	21193	-0.481	-0.3208	Yes
178	IKBKB	1426207_at 1426333_a_at 1432275_at 1445141_at 1454184_a_at	21209	-0.491	-0.3127	Yes
179	RELB	1417856_at	21402	-0.637	-0.3102	Yes
180	HNRPAB	1415914_at 1426114_at 1431349_at 1448144_at 1453849_s_at 1455855_x_at 1459880_at	21410	-0.649	-0.2990	Yes
181	LPP	1425673_at 1436714_at 1437235_x_at 1438271_at 1440167_s_at 1454899_at 1455314_at	21508	-0.746	-0.2901	Yes
182	FOS	1423100_at	21526	-0.766	-0.2773	Yes
183	F2RL2	1421407_at 1445680_x_at	21565	-0.806	-0.2647	Yes
184	ECM1	1448613_at	21569	-0.817	-0.2503	Yes
185	DIRC2	1454654_at 1457245_at	21671	-1.024	-0.2366	Yes
186	THADA	1443884_at 1457106_at 1459697_at	21708	-1.152	-0.2178	Yes
187	BMF	1422995_at 1454880_s_at 1458325_x_at	21713	-1.175	-0.1970	Yes
188	PNRC1	1433668_at 1438524_x_at 1439513_at	21780	-1.414	-0.1749	Yes
189	TRIB1	1424880_at 1424881_at	21861	-1.744	-0.1475	Yes
190	RAI1	1420454_at 1453200_at	21871	-1.790	-0.1160	Yes
191	CXCL16	1418718_at 1449195_s_at	21890	-2.020	-0.0808	Yes
192	PABPC1	1418883_a_at 1419500_at 1453840_at	21929	-4.646	0.0002	Yes