Details for gene set V$NKX25

Table: GSEA Results Summary

Dataset	Set_01_ATM_minus_versus_SCID.phenotype_ATM_minus_versus_SCID.cls #ATM_minus_versus_SCID
Phenotype	phenotype_ATM_minus_versus_SCID.cls#ATM_minus_versus_SCID
Upregulated in class	ATM_minus
GeneSet	V$NKX25_02
Enrichment Score (ES)	0.4026329
Normalized Enrichment Score (NES)	1.2813588
Nominal p-value	0.0527307
FDR q-value	0.71898043
FWER p-Value	1.0

Table: GSEA details [plain text format]
	PROBE	DESCRIPTION (from dataset)	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	TCF12	1421908_a_at 1427670_a_at 1438762_at 1439209_at 1439619_at 1443012_at 1444620_at 1445093_at 1445133_at 1457524_at 1458337_at	11	4.990	0.0649	Yes
2	NR4A3	1421079_at 1421080_at	108	2.785	0.0970	Yes
3	VGLL1	1421607_at	285	1.937	0.1143	Yes
4	DOCK4	1431114_at 1436405_at 1441462_at 1441469_at 1446283_at 1457146_at 1459279_at	362	1.718	0.1334	Yes
5	GJA1	1415800_at 1415801_at 1437992_x_at 1438650_x_at 1438945_x_at 1438973_x_at	437	1.587	0.1508	Yes
6	GAD1	1416561_at 1416562_at	456	1.550	0.1703	Yes
7	ELAVL2	1421881_a_at 1421882_a_at 1421883_at 1433052_at	474	1.509	0.1893	Yes
8	EGLN1	1423785_at 1443389_at 1451110_at	480	1.485	0.2086	Yes
9	LMO4	1420981_a_at 1439651_at	518	1.409	0.2253	Yes
10	MS4A1	1423226_at 1450912_at	546	1.357	0.2419	Yes
11	KCNJ3	1421468_at 1444336_at	588	1.290	0.2569	Yes
12	UBQLN1	1419385_a_at 1424368_s_at 1450345_at	638	1.219	0.2706	Yes
13	HDAC9	1421306_a_at 1434572_at	654	1.203	0.2857	Yes
14	RPL10	1440049_at 1448157_s_at	726	1.120	0.2972	Yes
15	ACP6	1444410_at 1448445_at	734	1.106	0.3113	Yes
16	GPR65	1449175_at	796	1.048	0.3223	Yes
17	TPM2	1419738_a_at 1419739_at 1425028_a_at 1449577_x_at	888	0.963	0.3307	Yes
18	RNF11	1426404_a_at 1426405_at 1439685_at 1442048_at 1452058_a_at	894	0.957	0.3430	Yes
19	PSCD3	1418758_a_at 1431707_a_at 1446268_at	960	0.909	0.3520	Yes
20	TBL1X	1434643_at 1434644_at 1441435_at 1446736_at 1455042_at	1007	0.876	0.3614	Yes
21	KCTD12	1434881_s_at	1066	0.833	0.3696	Yes
22	NOTCH1	1418633_at 1418634_at	1101	0.808	0.3786	Yes
23	HHIP	1421426_at 1437933_at 1438083_at 1455277_at	1289	0.695	0.3792	Yes
24	WNT8B	1421439_at	1312	0.684	0.3871	Yes
25	DNAJB4	1431734_a_at 1439524_at 1443611_at 1451177_at	1322	0.681	0.3956	Yes
26	MAP3K7IP2	1423462_at 1451003_at	1365	0.667	0.4025	Yes
27	PDE7A	1423313_at 1423314_s_at 1450933_at 1451839_a_at 1458218_s_at	1595	0.584	0.3996	Yes
28	ZDHHC21	1429488_at	1731	0.544	0.4005	Yes
29	WDR33	1418338_at 1423874_at 1444434_at 1444558_at 1453322_at 1453554_a_at 1455281_at 1456488_at 1456825_at 1458255_at	2005	0.470	0.3941	Yes
30	PNOC	1425892_a_at	2073	0.450	0.3969	Yes
31	SEZ6	1420885_a_at 1427674_a_at 1459972_x_at	2078	0.448	0.4026	Yes
32	ANLN	1433543_at 1439648_at	2505	0.368	0.3879	No
33	INHBA	1422053_at 1458291_at	2576	0.356	0.3893	No
34	FBXW11	1425461_at 1425462_at 1437468_x_at 1438336_at 1443010_at 1447294_at 1457485_at	2605	0.351	0.3926	No
35	PHEX	1421979_at 1450445_at	2627	0.349	0.3963	No
36	PVRL3	1417319_at 1421132_at 1421133_at 1423331_a_at 1448673_at	2869	0.315	0.3893	No
37	LPHN2	1434111_at 1434112_at 1444906_at	3055	0.292	0.3846	No
38	STAT3	1424272_at 1426587_a_at 1459961_a_at 1460700_at	3297	0.267	0.3770	No
39	DPF3	1441659_at 1442686_at 1450162_at	3524	0.246	0.3699	No
40	FGF7	1422243_at 1438405_at	3564	0.243	0.3713	No
41	SLC16A14	1430629_at 1439661_at	3596	0.240	0.3730	No
42	FGF3	1422923_at 1441914_x_at	3678	0.235	0.3723	No
43	INA	1418178_at 1448991_a_at 1448992_at	3711	0.233	0.3739	No
44	NRXN1	1428240_at 1433413_at 1439358_a_at 1439359_x_at 1442501_at 1447216_at 1454691_at 1460540_at	3717	0.232	0.3767	No
45	GABARAPL2	1423187_at 1441376_at 1444956_at 1459477_at	3880	0.220	0.3722	No
46	ATOH1	1449822_at	3918	0.217	0.3733	No
47	SLC16A6	1417884_at	3971	0.213	0.3737	No
48	MAB21L2	1418934_at	3977	0.213	0.3763	No
49	PDZRN4	1456512_at	4417	0.186	0.3585	No
50	FLRT2	1456874_at	4673	0.173	0.3491	No
51	HOXB6	1451660_a_at	4752	0.170	0.3477	No
52	CA4	1418094_s_at 1448949_at	4843	0.165	0.3458	No
53	PPFIBP1	1443029_at 1445577_at 1452759_s_at	4869	0.164	0.3468	No
54	RALGPS2	1417230_at 1428789_at 1431704_a_at	4873	0.164	0.3488	No
55	OTP	1422285_at	4982	0.159	0.3459	No
56	RAB5B	1422119_at 1437446_at	5055	0.156	0.3446	No
57	KLHL13	1416242_at 1448269_a_at	5142	0.152	0.3426	No
58	UBE2E2	1424358_at 1447025_at	5683	0.132	0.3195	No
59	NEUROG1	1438551_at 1450836_at	5719	0.130	0.3196	No
60	SLC6A5	1425992_at	5812	0.127	0.3171	No
61	TRPM7	1416799_at 1416800_at 1416801_at 1431355_s_at	5904	0.124	0.3145	No
62	PAX3	1420389_at 1430335_a_at 1441743_at 1459148_at	5915	0.124	0.3157	No
63	NTRK2	1420837_at 1420838_at 1435196_at 1435305_at 1437560_at 1446712_at	6052	0.119	0.3110	No
64	CX36	1423019_at 1435297_at	6082	0.118	0.3112	No
65	GPC4	1421088_at 1436514_at 1443620_at	6703	0.100	0.2840	No
66	GPRC5D	1420538_at	6862	0.096	0.2780	No
67	LRP1B	1450211_at 1457235_at	7043	0.091	0.2709	No
68	KCNH5	1441742_at	7273	0.085	0.2615	No
69	IMPDH2	1415851_a_at 1415852_at	7376	0.082	0.2579	No
70	GNG8	1457755_at	7496	0.079	0.2534	No
71	CXXC6	1429448_s_at	7577	0.077	0.2508	No
72	CFL2	1418066_at 1418067_at 1431432_at	7631	0.076	0.2493	No
73	SEZ6L	1424764_at 1440128_s_at	7665	0.075	0.2488	No
74	SEMA5B	1422146_at 1435963_at	7705	0.074	0.2480	No
75	CART1	1435022_at 1456454_at	7712	0.074	0.2487	No
76	FBXW7	1424986_s_at 1451558_at	7852	0.071	0.2432	No
77	KLHL1	1436465_at 1449241_at	8107	0.065	0.2324	No
78	AQP3	1422007_at 1422008_a_at 1447727_at 1450460_at	8572	0.054	0.2117	No
79	HSD17B2	1418352_at	8819	0.048	0.2011	No
80	DNAJC5B	1418725_at	8835	0.048	0.2010	No
81	RORA	1420583_a_at 1424034_at 1424035_at 1436325_at 1436326_at 1441085_at 1443511_at 1443647_at 1446360_at 1455165_at 1457177_at 1458129_at	8912	0.046	0.1981	No
82	HOXC6	1427361_at 1427362_x_at 1427454_at	9075	0.043	0.1912	No
83	LRP2	1427133_s_at 1427621_at 1445901_at 1452320_at	9110	0.042	0.1902	No
84	PPP1R14C	1417701_at 1443799_at 1446671_at	9189	0.040	0.1871	No
85	CTSK	1450652_at	9290	0.038	0.1830	No
86	NELL2	1423560_at 1423561_at	9674	0.030	0.1658	No
87	HOXD8	1431099_at 1433638_s_at	9893	0.026	0.1561	No
88	CXXC4	1437351_at 1438304_at 1456811_at	9895	0.026	0.1564	No
89	LRP1	1442849_at 1448655_at	9964	0.024	0.1536	No
90	RGS12	1429380_at 1453129_a_at 1457511_at 1459566_at	9975	0.024	0.1535	No
91	ABLIM2	1435441_at 1455313_at	10064	0.022	0.1497	No
92	EN1	1418618_at	10080	0.022	0.1493	No
93	HOXC5	1439885_at 1450832_at 1456301_at	10084	0.022	0.1494	No
94	DCX	1418139_at 1418140_at 1418141_at 1448974_at	10123	0.021	0.1480	No
95	CER1	1450256_at 1450257_at	10147	0.021	0.1472	No
96	LTBP1	1419786_at 1440678_at 1446232_at 1447547_at 1448870_at 1457852_at 1458739_at	10317	0.018	0.1397	No
97	HMGN2	1433507_a_at	10546	0.013	0.1293	No
98	CRISP1	1416325_at	10610	0.012	0.1266	No
99	FGF10	1420690_at	10893	0.006	0.1137	No
100	TBXAS1	1416827_at	11328	-0.003	0.0938	No
101	HS3ST2	1438624_x_at 1440814_x_at 1454784_at	11370	-0.004	0.0920	No
102	HOXC4	1422870_at	11549	-0.008	0.0839	No
103	TITF1	1422346_at	11840	-0.014	0.0707	No
104	ANK3	1425202_a_at 1439220_at 1447259_at 1451628_a_at 1457288_at	11881	-0.015	0.0691	No
105	PPM1E	1434990_at 1445741_at	11983	-0.017	0.0646	No
106	SHOX2	1420559_a_at 1438042_at	12033	-0.018	0.0626	No
107	CITED2	1417129_a_at 1421267_a_at 1439915_at 1440091_at 1443561_at 1443926_at 1445638_at 1446176_at 1447861_x_at 1457632_s_at 1459301_at	12102	-0.019	0.0598	No
108	ESRRG	1421747_at 1455267_at 1457896_at	12151	-0.020	0.0578	No
109	HTR3B	1421652_at	12168	-0.021	0.0573	No
110	NEO1	1423513_at 1434931_at 1440789_at 1444295_at 1447693_s_at 1447694_x_at 1459485_at	12594	-0.030	0.0382	No
111	KLF12	1439846_at 1439847_s_at 1441040_at 1455521_at	12734	-0.033	0.0322	No
112	PITX2	1424797_a_at 1450482_a_at	12774	-0.034	0.0309	No
113	SULF1	1436319_at 1438200_at 1446416_at 1457402_at	12847	-0.035	0.0280	No
114	NRL	1450946_at	12963	-0.038	0.0232	No
115	RWDD2	1428963_at	12972	-0.038	0.0234	No
116	PRRX1	1425526_a_at 1425527_at 1425528_at 1432129_a_at 1439774_at 1458004_at	13090	-0.041	0.0185	No
117	PCDH9	1439322_at 1442659_at 1444215_at 1444724_at 1445052_at 1445061_at 1457973_at	13253	-0.045	0.0117	No
118	ATP11C	1437600_at 1442367_at 1445065_at 1445379_at 1452496_at 1455083_at	13481	-0.049	0.0019	No
119	SLC6A15	1426712_at	13532	-0.050	0.0002	No
120	INPPL1	1460394_a_at	13567	-0.051	-0.0006	No
121	LRRC15	1436055_at 1453214_at	13613	-0.053	-0.0020	No
122	EREG	1419431_at	13763	-0.056	-0.0081	No
123	HAS2	1418678_at 1449169_at	13782	-0.057	-0.0082	No
124	DLX5	1449863_a_at	13816	-0.057	-0.0090	No
125	ROBO3	1421565_at 1436634_at	13870	-0.059	-0.0107	No
126	ARRDC3	1454617_at	14002	-0.062	-0.0159	No
127	HESX1	1420604_at	14151	-0.066	-0.0218	No
128	FLT1	1419300_at 1440926_at 1451756_at 1454037_a_at	14224	-0.068	-0.0242	No
129	CTLA4	1419334_at	14266	-0.069	-0.0252	No
130	AP1GBP1	1435215_at 1442344_at 1457695_at	14573	-0.077	-0.0383	No
131	NAP1L5	1417411_at	14615	-0.079	-0.0391	No
132	TBX19	1422085_at 1422086_at	14815	-0.084	-0.0472	No
133	HTR2C	1435513_at 1450477_at	14910	-0.086	-0.0504	No
134	CNNM2	1423475_at 1451007_at 1458132_at	14960	-0.088	-0.0515	No
135	DSPP	1422246_at	15015	-0.089	-0.0528	No
136	HSPB3	1449872_at	15072	-0.090	-0.0542	No
137	TBR1	1416711_at	15100	-0.091	-0.0542	No
138	ASB7	1435010_at 1438744_at 1446319_at 1450363_at	15158	-0.093	-0.0556	No
139	COL12A1	1427391_a_at 1445751_at	15178	-0.094	-0.0553	No
140	TRPM1	1418935_at 1437445_at 1437531_at 1440241_at	15504	-0.103	-0.0689	No
141	SLC25A25	1424735_at 1447856_x_at 1454284_at	15824	-0.114	-0.0821	No
142	LMO3	1455754_at	15878	-0.115	-0.0830	No
143	AP1S2	1437998_at 1447903_x_at 1452657_at 1456252_x_at 1460036_at	15908	-0.116	-0.0828	No
144	EDEM1	1424065_at 1451218_at	15975	-0.118	-0.0843	No
145	TCL1A	1422458_at	15987	-0.118	-0.0832	No
146	PROK1	1443505_at	16092	-0.122	-0.0864	No
147	DAB1	1421100_a_at 1427307_a_at 1427308_at 1435577_at 1435578_s_at	16137	-0.123	-0.0868	No
148	NHLH2	1436888_at	16164	-0.124	-0.0864	No
149	EYA1	1421727_at 1443117_at 1457424_at	16261	-0.128	-0.0891	No
150	NSD1	1420881_at 1435088_at 1440972_at 1456916_at	16274	-0.128	-0.0880	No
151	UBXD3	1426007_a_at 1451906_at 1456385_x_at 1457581_at	16355	-0.131	-0.0900	No
152	PTPRC	1422124_a_at 1440165_at	16410	-0.133	-0.0907	No
153	FLNA	1426677_at	16568	-0.139	-0.0961	No
154	TSGA14	1419686_at 1434576_at 1443792_at 1445416_at	16841	-0.150	-0.1067	No
155	VIP	1428664_at	16842	-0.150	-0.1047	No
156	HMGA2	1422851_at 1443394_at 1446196_at 1450780_s_at 1450781_at 1458241_at	16907	-0.152	-0.1056	No
157	RNF39	1440912_at 1441793_at	17684	-0.193	-0.1388	No
158	VGLL4	1455992_at	17918	-0.209	-0.1468	No
159	VLDLR	1417900_a_at 1434465_x_at 1435893_at 1438258_at 1442169_at 1451156_s_at	18027	-0.217	-0.1489	No
160	POU2F1	1419716_a_at 1427695_a_at 1427835_at	18058	-0.219	-0.1474	No
161	FOXP2	1422014_at 1438231_at 1438232_at 1440108_at 1441365_at 1458191_at	18070	-0.220	-0.1450	No
162	CHES1	1434002_at 1436925_at 1438255_at 1440607_at 1444555_at 1447325_at 1453094_at	18085	-0.221	-0.1428	No
163	MSI2	1421230_a_at 1421231_at 1435520_at 1435521_at 1436818_a_at 1441185_at 1441373_at 1443008_at 1443530_at 1446022_at 1458136_at 1458542_at	18272	-0.234	-0.1483	No
164	PPAP2B	1429514_at 1446850_at 1448908_at	18435	-0.249	-0.1524	No
165	RNF111	1423304_a_at	18551	-0.260	-0.1543	No
166	ATF7	1425653_at 1437645_at 1445509_at	18600	-0.264	-0.1531	No
167	PRKAB1	1424119_at 1452457_a_at	18692	-0.273	-0.1537	No
168	MAP2K5	1417854_at 1430180_at 1453712_a_at 1455941_s_at	18986	-0.303	-0.1632	No
169	LNPEP	1433747_at 1438432_at 1439326_at 1443907_at 1456347_at	18996	-0.304	-0.1596	No
170	HOXA3	1427433_s_at 1441070_at 1452421_at	19039	-0.309	-0.1575	No
171	USP40	1435901_at 1438242_at 1446209_at 1458079_at	19289	-0.345	-0.1644	No
172	SCML4	1427417_at 1427545_at 1440157_at	19299	-0.346	-0.1603	No
173	BBOX1	1419618_at	19322	-0.350	-0.1567	No
174	WNT10A	1460657_at	19343	-0.351	-0.1530	No
175	EIF4E	1450909_at 1457489_at 1459371_at	19374	-0.356	-0.1497	No
176	MINA	1423595_at 1431939_a_at 1451042_a_at 1454066_at	19433	-0.364	-0.1476	No
177	PTPN21	1419054_a_at 1419055_a_at 1453298_at	19534	-0.380	-0.1472	No
178	MBNL2	1433754_at 1436858_at 1446475_at 1455827_at 1457237_at 1457477_at	19548	-0.382	-0.1428	No
179	H3F3B	1420376_a_at 1430357_at 1455725_a_at	19573	-0.386	-0.1389	No
180	GNA13	1422555_s_at 1422556_at 1430295_at 1433749_at 1446722_at 1450656_at 1453470_a_at 1460317_s_at	20057	-0.484	-0.1547	No
181	DFNB31	1432555_at 1436485_s_at 1436486_x_at 1442507_at 1447438_at	20259	-0.542	-0.1569	No
182	DNMT3B	1418351_a_at 1442655_at 1443016_at 1449052_a_at 1459384_at	20471	-0.605	-0.1586	No
183	CHCHD7	1440158_x_at 1444318_at 1446844_at 1454640_at	20620	-0.661	-0.1568	No
184	CNTN4	1438782_at 1460321_at	20927	-0.836	-0.1599	No
185	PLAG1	1421745_at 1443943_at	20954	-0.857	-0.1498	No
186	SLC4A4	1421225_a_at 1426432_a_at 1434096_at 1443676_at 1450169_at 1452071_at	20956	-0.859	-0.1386	No
187	KCTD15	1435339_at	21273	-1.161	-0.1379	No
188	DLX1	1449470_at	21371	-1.298	-0.1254	No
189	CXCL14	1418456_a_at 1418457_at	21481	-1.500	-0.1107	No
190	JDP2	1424972_at 1450350_a_at	21576	-1.714	-0.0926	No
191	DMD	1417307_at 1430320_at 1446156_at 1448665_at 1457022_at	21702	-2.099	-0.0708	No
192	CACNA1C	1421297_a_at 1441679_at 1441744_at	21766	-2.406	-0.0421	No
193	SFRS7	1424033_at 1424883_s_at 1436871_at	21882	-3.805	0.0025	No