Details for gene set ORGANIC_ACID_METABOLIC

Table: GSEA Results Summary

Dataset	Set_01_ATM_minus_versus_ATM_plus.phenotype_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls #ATM_minus_versus_ATM_plus.phenotype_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls #ATM_minus_versus_ATM_plus_repos
Phenotype	phenotype_ATM_minus_versus_ATM_plus.cls#ATM_minus_versus_ATM_plus_repos
Upregulated in class	ATM_minus
GeneSet	ORGANIC_ACID_METABOLIC_PROCESS
Enrichment Score (ES)	0.5277756
Normalized Enrichment Score (NES)	1.7158014
Nominal p-value	0.0
FDR q-value	0.11407215
FWER p-Value	0.728

Table: GSEA details [plain text format]
	PROBE	DESCRIPTION (from dataset)	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	ACLY	1425326_at 1438389_x_at 1439445_x_at 1439459_x_at 1446315_at 1451666_at	20	5.102	0.0590	Yes
2	ARG1	1419549_at	67	3.938	0.1031	Yes
3	CPT1A	1434866_x_at 1438156_x_at 1460409_at	130	3.275	0.1387	Yes
4	BCAT1	1430111_a_at 1450871_a_at	220	2.860	0.1682	Yes
5	ACOT12	1419395_at 1433064_at 1449457_at	299	2.513	0.1941	Yes
6	GOT2	1417715_a_at 1417716_at	348	2.373	0.2198	Yes
7	AGPAT2	1428821_at	359	2.340	0.2468	Yes
8	PYCR1	1424556_at	449	2.082	0.2672	Yes
9	GSTZ1	1427552_a_at 1458134_at	506	1.961	0.2876	Yes
10	CYP39A1	1418780_at	526	1.916	0.3093	Yes
11	QDPR	1423664_at 1437993_x_at	551	1.872	0.3301	Yes
12	DARS	1423800_at	650	1.705	0.3457	Yes
13	GAD1	1416561_at 1416562_at	676	1.672	0.3641	Yes
14	SLC7A5	1418326_at	688	1.654	0.3831	Yes
15	NFS1	1416373_at 1431431_a_at 1442017_at	803	1.517	0.3956	Yes
16	ACOT1	1449065_at	823	1.488	0.4122	Yes
17	GOT1	1450970_at	968	1.333	0.4213	Yes
18	PTGES3	1417998_at 1460221_at	1031	1.279	0.4334	Yes
19	MIF	1416335_at 1433109_at 1454481_at	1153	1.178	0.4417	Yes
20	MTHFD2	1419253_at 1419254_at	1200	1.145	0.4530	Yes
21	SCYE1	1416486_at	1226	1.129	0.4652	Yes
22	RARS	1416312_at	1297	1.083	0.4747	Yes
23	YARS	1460638_at	1507	0.963	0.4764	Yes
24	SLC25A10	1416954_at 1416955_at	1531	0.956	0.4865	Yes
25	ECHS1	1452341_at	1870	0.799	0.4804	Yes
26	NANP	1417941_at	2003	0.744	0.4831	Yes
27	SLC25A15	1420966_at 1420967_at	2059	0.726	0.4891	Yes
28	AS3MT	1431980_a_at 1457201_at	2106	0.712	0.4953	Yes
29	AARS	1423685_at 1451083_s_at	2497	0.595	0.4844	Yes
30	BRCA1	1424629_at 1424630_a_at 1427698_at 1443763_at 1451417_at	2612	0.570	0.4859	Yes
31	ACADS	1460216_at	2666	0.558	0.4900	Yes
32	FADS2	1419031_at 1443838_x_at 1449325_at	2705	0.547	0.4947	Yes
33	GSS	1441931_x_at 1448273_at	2761	0.533	0.4984	Yes
34	ASL	1448350_at	2767	0.532	0.5044	Yes
35	PECI	1431012_a_at	2770	0.532	0.5106	Yes
36	GLUD1	1416209_at 1448253_at	2861	0.515	0.5125	Yes
37	ACN9	1456614_at	2898	0.508	0.5168	Yes
38	PEPD	1416712_at	3002	0.488	0.5178	Yes
39	ASRGL1	1424395_at 1424396_a_at 1460360_at	3003	0.488	0.5235	Yes
40	ALDH1L1	1424400_a_at 1424401_at 1456551_at	3035	0.481	0.5278	Yes
41	OXSM	1419973_at 1429699_at 1441514_at 1449684_at 1449685_s_at 1455395_at	3530	0.407	0.5099	No
42	ACOT2	1422996_at 1439478_at	3595	0.399	0.5116	No
43	GCK	1419146_a_at 1425303_at	3680	0.389	0.5123	No
44	HPD	1424618_at	3964	0.358	0.5035	No
45	ACOX2	1420673_a_at	4082	0.347	0.5022	No
46	GAMT	1422558_at	4116	0.343	0.5047	No
47	IGF1	1419519_at 1436497_at 1437401_at 1452014_a_at	4190	0.338	0.5054	No
48	SLC7A6	1433467_at 1460541_at	4223	0.335	0.5078	No
49	PPARD	1425703_at 1439797_at	4309	0.329	0.5078	No
50	ASPA	1418472_at	4331	0.328	0.5107	No
51	PTGES	1439747_at 1449449_at 1449450_at	4532	0.309	0.5051	No
52	ME3	1429071_at	4556	0.308	0.5077	No
53	HSD3B7	1416968_a_at 1442912_at	4627	0.304	0.5080	No
54	BDH2	1453011_at	4768	0.296	0.5051	No
55	GLS2	1435245_at	5210	0.272	0.4880	No
56	CYP7B1	1421074_at 1421075_s_at 1446995_at	5495	0.259	0.4780	No
57	ALOX12	1422699_at 1422700_at	5529	0.257	0.4795	No
58	FPGS	1460673_at	5621	0.253	0.4783	No
59	SMS	1428699_at 1434190_at	5689	0.249	0.4782	No
60	FARS2	1431354_a_at 1439406_x_at	5791	0.245	0.4764	No
61	INDO	1420437_at	6002	0.235	0.4695	No
62	SLC3A1	1448741_at	6146	0.229	0.4657	No
63	HADHB	1437172_x_at	6230	0.226	0.4645	No
64	ALDH18A1	1415836_at 1435855_x_at 1437325_x_at 1437333_x_at 1437620_x_at	6332	0.222	0.4625	No
65	FTCD	1419670_at 1457056_at	6396	0.220	0.4622	No
66	BCKDK	1443813_x_at 1460644_at	6504	0.216	0.4598	No
67	FADS1	1423680_at 1440444_at	6699	0.208	0.4533	No
68	SDS	1424744_at	7036	0.195	0.4402	No
69	NR1H4	1419105_at	7058	0.194	0.4415	No
70	GATM	1423569_at	7074	0.194	0.4431	No
71	MTHFR	1422132_at 1434087_at 1450498_at	7502	0.179	0.4256	No
72	GCLM	1418627_at	7529	0.178	0.4265	No
73	DCT	1418028_at	7553	0.177	0.4275	No
74	BCKDHA	1416647_at	7889	0.168	0.4141	No
75	AGXT	1418833_at	7997	0.165	0.4111	No
76	SLC27A5	1449112_at	8216	0.158	0.4029	No
77	SLC6A6	1420148_at 1421346_a_at 1437149_at 1449751_at	8254	0.157	0.4031	No
78	GBA2	1419980_at 1434271_at	8506	0.149	0.3933	No
79	GLYAT	1424867_a_at 1424868_at 1451515_s_at	8509	0.149	0.3950	No
80	ACOT4	1422076_at 1422077_at	8528	0.149	0.3959	No
81	ARPP-19	1422609_at 1441455_at 1450685_at	8636	0.145	0.3927	No
82	BCKDHB	1427153_at	8679	0.144	0.3925	No
83	PTGS1	1423414_at 1436448_a_at 1457652_x_at	9524	0.121	0.3551	No
84	DDAH1	1429298_at 1429299_at 1434519_at 1438879_at 1454995_at 1455400_at	9570	0.120	0.3545	No
85	PPARA	1449051_at	9580	0.120	0.3555	No
86	PTGDS	1423859_a_at 1423860_at	9653	0.118	0.3535	No
87	GNE	1448810_at 1455583_at	9684	0.117	0.3535	No
88	SARS2	1448522_at	9700	0.116	0.3542	No
89	PFKFB1	1427213_at	10817	0.088	0.3040	No
90	CDO1	1448842_at	11049	0.082	0.2944	No
91	HGD	1452986_at	11284	0.076	0.2845	No
92	CPT1B	1418328_at	11395	0.073	0.2803	No
93	GGTLA1	1418216_at 1439420_x_at 1455747_at	11635	0.067	0.2701	No
94	SLC7A9	1448783_at	11821	0.063	0.2624	No
95	TYR	1417717_a_at 1448821_at 1456095_at	11840	0.062	0.2623	No
96	MPST	1418356_at	12019	0.057	0.2548	No
97	ALDH5A1	1453065_at	12186	0.054	0.2478	No
98	AKR1D1	1425771_at 1455100_at	12207	0.053	0.2475	No
99	MSRA	1442385_at 1448856_a_at 1458923_at	12566	0.044	0.2316	No
100	GLDC	1416049_at 1459959_at	12602	0.043	0.2305	No
101	SLC6A14	1420503_at 1420504_at	12671	0.042	0.2278	No
102	HPGD	1419905_s_at 1419906_at	12992	0.033	0.2135	No
103	ACADSB	1455446_x_at	13029	0.032	0.2122	No
104	MLYCD	1449964_a_at	13070	0.031	0.2108	No
105	PRG3	1449924_at	13148	0.028	0.2076	No
106	SLC27A2	1416316_at	13174	0.028	0.2067	No
107	FAH	1417220_at	13255	0.026	0.2034	No
108	PPARGC1A	1434099_at 1434100_x_at 1437751_at 1456395_at 1460336_at	13325	0.024	0.2005	No
109	HAO1	1420420_at	13949	0.005	0.1719	No
110	ACO1	1423644_at 1456728_x_at	13995	0.004	0.1699	No
111	LYPLA3	1422341_s_at 1423704_at	14338	-0.008	0.1543	No
112	BAAT	1419001_at 1419002_s_at	14566	-0.017	0.1441	No
113	IDH3B	1418885_a_at 1418886_s_at 1441271_at	15101	-0.037	0.1200	No
114	SLC7A8	1417929_at	15143	-0.039	0.1186	No
115	GAD2	1421978_at	15281	-0.044	0.1128	No
116	BBOX1	1419618_at	15284	-0.044	0.1132	No
117	PAH	1454638_a_at	15338	-0.047	0.1113	No
118	MAT1A	1423147_at	15450	-0.052	0.1068	No
119	ABCD2	1419748_at 1438431_at 1439835_x_at 1446962_at 1456812_at	15635	-0.061	0.0991	No
120	MCCC2	1428021_at 1432472_a_at 1454840_at	15912	-0.076	0.0873	No
121	IDH1	1419821_s_at 1422433_s_at	15922	-0.077	0.0878	No
122	GNPAT	1417456_at	15931	-0.077	0.0884	No
123	DDAH2	1416457_at	15976	-0.079	0.0873	No
124	TST	1448609_at	16019	-0.082	0.0863	No
125	DEGS1	1423345_at 1423346_at	16064	-0.085	0.0853	No
126	ATF4	1438992_x_at 1439258_at 1448135_at	16381	-0.105	0.0720	No
127	HACL1	1449047_at	16841	-0.139	0.0526	No
128	SLC7A4	1426068_at 1426069_s_at 1436776_x_at	17079	-0.162	0.0436	No
129	ACOX3	1420684_at 1437352_at	17101	-0.164	0.0445	No
130	SC4MOL	1423078_a_at 1459627_at	17140	-0.167	0.0448	No
131	CD74	1425519_a_at	17323	-0.188	0.0386	No
132	ALDH4A1	1452375_at	17329	-0.188	0.0406	No
133	SLC7A2	1422648_at 1426008_a_at 1436555_at 1440506_at 1450703_at	17573	-0.223	0.0320	No
134	ADI1	1449076_x_at	17615	-0.228	0.0328	No
135	ACADVL	1424184_at	17765	-0.247	0.0289	No
136	HDC	1451796_s_at 1454713_s_at	17848	-0.259	0.0282	No
137	PLOD1	1416289_at 1445893_at	17870	-0.262	0.0303	No
138	SCLY	1417671_at 1441192_at	17933	-0.269	0.0306	No
139	CROT	1450966_at	17986	-0.275	0.0314	No
140	AGPAT1	1421024_at 1421025_at	18491	-0.355	0.0125	No
141	GCLC	1424296_at	18760	-0.407	0.0050	No
142	GGT1	1448485_at	18803	-0.418	0.0079	No
143	ACOT9	1418073_at	18873	-0.434	0.0099	No
144	ADIPOR2	1434329_s_at 1437864_at	18995	-0.463	0.0098	No
145	UGDH	1416308_at 1447411_at	19002	-0.465	0.0149	No
146	ADIPOR1	1424312_at 1439017_x_at 1451311_a_at	19017	-0.468	0.0198	No
147	ECH1	1448491_at	19018	-0.469	0.0253	No
148	SLC7A7	1417392_a_at 1447181_s_at	19105	-0.489	0.0271	No
149	ALDH6A1	1448104_at	19125	-0.495	0.0320	No
150	ACADM	1415984_at	19318	-0.540	0.0295	No
151	MAT2B	1448196_at	19374	-0.553	0.0335	No
152	ACO2	1436934_s_at 1442102_at 1451002_at	19611	-0.623	0.0300	No
153	LTA4H	1426807_at 1434790_a_at 1453528_at	19745	-0.669	0.0318	No
154	WARS	1415694_at 1425106_a_at 1434813_x_at 1437832_x_at	20003	-0.763	0.0289	No
155	NPC1	1423086_at	20366	-0.919	0.0231	No
156	PTS	1450660_at 1458402_at	20666	-1.106	0.0223	No
157	FAAH	1421969_a_at 1434091_at	20973	-1.383	0.0245	No
158	TNFRSF1A	1417291_at	21181	-1.673	0.0347	No